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　　①　避免壓力和溫度的急劇變化及任何機械震動。溫度的突然變化或者使色譜柱從高處掉下都會影響柱內的填充狀況；柱壓的突然升高或降低也會衝動柱內填料，因此在調節流速時應該緩慢進行，在閥進樣時閥的轉動不能過緩（如前所述）。

　　②　應逐漸改變溶劑的組成，特別是反相色譜中，不應直接從有機溶劑改變為全部是水，反之亦然。

　　③　一般說來色譜柱不能反衝，隻有生產者指明該柱可以反衝時，才可以反衝除去留在柱頭的雜質。否則反衝會迅速降低柱效。

　　④　選擇使用適宜的流動相（尤其是pH），以避免固定相被破壞。有時可以在進樣器前麵連接一預柱，分析柱是鍵合矽膠時，預柱為矽膠，可使流動相在進入分析柱之前預先被矽膠“飽和”，避免分析柱中的矽膠基質被溶解。

　　⑤　避免將基質複雜的樣品尤其是生物樣品直接注入柱內，需要對樣品進行預處理或者在進樣器和色譜柱之間連接一保護柱。保護柱一般是填有相似固定相的短柱。保護柱可以而且應該經常更換。

　　⑥　經常用強溶劑衝洗色譜柱，清除保留在柱內的雜質。在進行清洗時，對流路係統中流動相的置換應以相混溶的溶劑逐漸過渡，每種流動相的體積應是柱體積的20倍左右，即常規分析需要50~75ml。

　　⑦　保存色譜柱時應將柱內充滿乙腈或甲醇，柱接頭要擰緊，防止溶劑揮發幹燥。禁止將緩衝溶液留在柱內靜置過晚上或更長時間。

　　⑧　色譜柱使用過程中，如果壓力升高，一種可能是燒結濾片被堵塞，這時應更換濾片或將其取出進行清洗；另一種可能是大分子進入柱內，使柱頭被汙染；如果柱效降低或色譜峰變形，則可能柱頭出現塌陷，死體積增大。